肿瘤科
肿瘤内科创立于年，是我国第一个肿瘤内科专业科室，标志着我国实体肿瘤专业化内科治疗的开始，其医疗、教学、科研的整体实力始终代表着我国肿瘤内科的最高水平和发展方向。肿瘤内科是国家肿瘤学重点学科点，目前下设消化肿瘤、呼吸肿瘤、淋巴肿瘤、乳腺肿瘤等专业组，负责乳腺癌、肺癌、胃癌、肠癌、食管癌、淋巴瘤、生殖肿瘤等各类实体肿瘤的内科治疗与研究。现设6个病区、病床张，医院有床位张，此外还有一个日接待量人以上的门诊治疗中心。内科现有医护人员人，其中医生56人、护士9人、实验室研究人员人。
医生队伍中现有中国工程院院士1人、主任医师16人、副主任医师16人。内科是教育部肿瘤内科博士学位和硕士学位授予点，现有博士生导师5人、硕士生导师16人，至今已培养博士、硕士研究生余人。
胸外科
中医院胸外科创建于年，是我国第一个胸部肿瘤外科，现为国家重点临床专科，医院管理研究所发布的“医院最佳专科声誉排行榜”上连续4年位列全国普胸外科第一名，年手术量达例，其中胸部肿瘤数量居全国之首。科室下设4个病区，开放床位张。技术力量雄厚，拥有一支由余名医护人员组成的强大的医疗、护理和科研团队，其中包括中国科学院院士1人，主任医师1人，副主任医师8人，主治医师10人。
科室以肺癌、食管癌诊治为重点，在肺良性肿瘤、气管肿瘤、贲门癌、胸腺瘤等纵膈肿瘤、胸壁肿瘤的外科和综合治疗方面一直处于国内领先地位。肺癌和食管癌的筛查、早期诊断、微创外科治疗、术后全程管理已形成系统化和规范化模式；对于局部晚期胸部肿瘤，联合麻醉科、内科、放疗科、影像、病理、介入、综合科等组建了多学科综合诊疗团队，疗效达国际先进水平。
头颈外科
头颈外科是以手术治疗口腔颌面部、耳鼻咽喉部、颈部及颅底恶性肿瘤为主的科室。年本院建院，头颈外科是国内肿瘤学界最早建立的科室之一。现设有三个病区，病床张，共有医护人员68名（医生2名，护士45名），其中主任医师10人，副主任医师5人。目前，头颈外科是临床肿瘤学国家重点学科点之一，是中国协和医科大学硕士、博士学位授权点之一，目前有博士生导师4人、硕士生导师6人。
在国内最早开展喉及下咽部分切除手术、颅底手术、鼻咽癌放疗失败后挽救手术及下咽颈段食管癌的术前放疗综合治疗等，提高了生存率。另一方面，强调肿瘤外科的器官功能保全性治疗，应用各种游离皮瓣修复头颈部术后缺损，以提高患者生存质量。坚持定期对喉全切除的患者组织食管发音训练，使患者能够恢复语言能力，在国内居领先水平。此外，科室与神经外科密切合作治疗各种颅底肿瘤，特别是颅底沟通肿瘤颇具特色。
神经外科
神经外科是以治疗各种颅内肿瘤、颅底肿瘤、椎管内肿瘤和脑动脉瘤为特色的科室；拥有全进口手术显微镜、高速气动磨钻、神经内镜、术中神经电生理监测仪、超声刀以及国内首台术中电子束放疗仪等现代化医疗设备。目前共有正式医护人员26名，其中医生均具有博士学位。
医院神经外科相比，本院神经外科更加注重神经系统肿瘤的个体化手术治疗和多学科综合治疗。其特色有：1、擅长垂体瘤、颅咽管瘤、听神经瘤、胆脂瘤、脑膜瘤及动脉瘤的个体化微创手术治疗，擅长脊髓髓内肿瘤的显微手术治疗和椎管重建；2、与头颈外科合作开展颅底内外沟通肿瘤、颈椎管内外沟通肿瘤的手术治疗；、积极开展神经系统恶性肿瘤如神经胶质瘤、脑转移瘤的手术切除、脑间质内放疗、局部化疗等综合性治疗。